ส่วนที่หรูที่สุดในบาซิลิกาก็คือภายในชาเปลเมดิชิในมุขตะวันออก (apse) ตระกูลเมดิชิยังคงจ่ายค่าบำรุงรักษาชาเปลจนกระทั่งเมื่อแอนนา มาเรีย หลุยซา เดอ เมดิชิ (Anna Maria Luisa de' Medici) สมาชิกคนสุดท้ายของตระกูลเสียชีวิตในปี ค.ศ. 1743 สมาชิกของตระกูลเมดิชิที่มีความสำคัญน้อยกว่าอีกราวห้าสิบคนถูกบรรจุในคริพท์ แบบสุดท้ายของชาเปลออกโดยเบอร์นาร์โด บวนตาเล็นติ (Bernardo Buontalenti) ระหว่างปี ค.ศ. 1603 ถึงปี ค.ศ. 1604 จากตัวอย่างของอเลสซานโดร ปิแอร์โรนิ (Alessandro Pieroni) และ มัตเตโอ นิเก็ตติ

ตอนบนเป็นชาเปลแปดเหลี่ยม “ชาเปลแห่งเจ้าชาย” (Cappella dei Principi) ที่เป็นที่บรรจุศพของแกรนดยุคเอง ที่สร้างและตกแต่งแบบแมนเนอริสม์ด้วยหินอ่อนหลากสี